通常熒光染料化合物帶有羧酸或者NHS活化酯,所以與多肽接合時需要多肽有氨基官能團,所以通過在序列中可以修飾在Lys側連氨基上,在C端時需要增加Lys或通過乙二胺(ED:NH2CH2CH2NH2)連進行連接。如Lys(Biotin),ED-Biotin,EDDnp等。